太平天国的窖金的下落主要有两种说法。

第一，窖金被曾国藩私吞了。曾国藩率军攻破天国首都11年的天京(南京后，向皇帝奏报说没有发现藏金。但是，《能静居士日记》中却有这样的记载：“在伪天王府取出金银不资，即纵火烧屋以灭迹”。由此可见，窖金很可能被曾国藩私吞了。据史书记载：“宫保曾中堂之太夫人，于三月初间由金陵回籍，护送船只，约二百数十号”，这里“私人定订”的珍宝里面，自然包括窖金。

第二，窖金被转移了。据史书记载，有个叫蒋驴子的行商，靠毛驴贩运货物，因为运军粮，他得到了太平天国忠王李秀成垂青，被任命为“驴马车三行总管”。后来，天京被清军攻破时，洪秀全病逝，李秀成吩咐蒋驴子转移窖金，正如史书所言：“有金银数千箱，命驴往，埋于石头山某所。”而后来，蒋驴子一夜之间暴富，成了金陵巨富。

当然，窖金之谜众说纷纭，传闻很多，但至今没有定论，还是不折不扣的待解疑案。