祖母绿大多都会有瑕疵，内含物太多自然会影响宝石的价值，但对于宝石研究者来说，祖母绿的内含物是不可多得的样本，借由观察到不同的内含物，可分辨出宝石产地的不同，及其生长环境。尽管祖母绿的内含物大大地影响了宝石的美观，其优美的绿色仍无其他宝石足与其匹敌。


     祖母绿的绿色来自其内的铬离子，此特点可以查尔斯滤色镜观察。在查尔斯滤色镜下，由于铬离子的存在，大部份的祖母绿会呈现暗红色，其他绿色代用品则大多呈现暗绿色。这个法则仅可在辨识时作为参考，不能据以断定真伪，因为某些非洲产的祖母绿，在滤色镜下不呈红色，反之，某些人造祖母绿则呈现强烈的红色。